Wer nicht in diesen Index aufgenommen werden möchte bzw. bereits dort vorhandene Seiten entfernen lassen möchte, kann dies ganz einfach durch eine robots.txt anlegen.
Texteditor öffnen und das hier eintragen:
User-agent: ia_archiver
Disallow: /
Als robots.txt speichern und in das Hauptverzeichnis der Webseite laden (wenn es schon eine robots.txt gibt diese entsprechend erweitern). Beim nächsten Besuch des Wayback Machine Robots wird dieses "Verbot" erfasst und der Index für deine Domain geleert.
Was man damit nicht verhindert, ist die Speicherung im Google Cache (wobei dieser immer nur den letzten Stand speichert und nicht mehrere Versionen) und das Datamining diverser amerikanischer Datensammler. Die kann man nur durch IP-Sperren in der Firewall daran hindern die Seite zu durchschnüffeln.